Ti år er gået siden den chimpanse Cæsar førte optøjer i "Monkey Planet: (R) evolution". Nu fører han en voksende gruppe af genetisk udviklede aber er truet af de få mennesker, der overlevede en dødelig virus udbrud. På trods af deres forsøg på at leve side om side som en krig bryder ud, der vil komme til at beslutte, hvilke løb der herske på jorden.
