Syvårige Tim Templeton må pludselig dele sine forældres kærlighed, da hans lillebror kommer til verden — iført et jakkesæt og fast besluttet på at vise, at han er den, der bestemmer. Da Tim finder ud af, at Boss Baby er på en hemmelig mission, indvilliger han i at tage med ham ud på et eventyr, som måske vil ændre verden!
