De er mutanter, genetisk overlegne mennesker - Jordens nyeste og mest forfulgt minoritet gruppe. I en stadig mere intens atmosfære af frygt og fordomme er en indsigtsfuld mand, professor Charles Xavier, har han grundlagde en skole og tilflugtssted for disse udstødte mennesker.
Xavier lærer dem at bruge deres unikke evne til at skabe tolerance og modvirke den stigende hysteri, der truer med at ødelægge deres eksistens. Med streng æreskodeks kæmper Xavier elever - X-Men - mod en usympatisk regering og imod ærkefjende Magneto. Han og hans radikale tilhængere forsøger at undertrykke manden til endeligt at afskaffe hele menneskeheden.
