Din yndlingshelt er tilbage i et helt nyt eventyr. Balto og hans søn Kodi opdager, at ny teknologi truer slædehundteamets fremtid, da fly er blevet et hurtigere alternativ til levering af post og varer til byen Nome (Alaska). Derfor arrangeres der en postleveringskonkurrence mellem Baltos slædeteam og en pilot, hvis fly fascinerer Balto. Når piloten Duke aldrig når målstregen, er nogle hunde glade for, at deres overlegenhed er bevist, men Balto forstår, at noget er gået galt. Balto får hjælp fra Muc og Luc til at tage på en redningsmission for at finde Duke, Boris og den savnede planet.