Efterfølgeren til den enormt succesfulde live-action-version fra 2002 af den klassiske tegnefilm for børn. Alt går godt for Mystery Inc.-banden: De har en høj profil, og offentligheden elsker dem så højt, at deres hjemby Coolsville endda har åbnet et særligt museum til ære for dem. Men tingene tager en drejning til det værre, da en maskeret skurk forsøger at tage kontrol over byen ved hjælp af en monstermaskine, der vækker liv i bandens tidligere fjender - inklusive 10.000 Volt Ghost, Captain Cutler og The Creeper - hvoraf reproduktioner er vist. I museet. For at gøre tingene værre, har en lokal tv-reporter (Alicia Silverstone) hentet det ind til Mystery Inc., og udsender en række rapporter, der sætter spørgsmålstegn ved deres tapperhed og intelligens. Kan Scooby, Shaggy og banden genvinde deres troværdighed og besejre den onde Monster Machine-operatør?