The Vanishing er inspireret af Flannan Isle mysteriet. En lille båd er på vej imod en ø, en ø som er meget isoleret og ikke større end en fodboldbane. Bådens mål er at udskifte de 3 folk som bemander fyrtårnet som befinder sig på øen. Båden ankommer til havnen, men de bliver ikke velkommet. De 3 folk som bemandede fyrtårnet er på mystisk vis forsvundet.